Il complesso religioso di San Pancrazio, costituito dalla chiesa e dal monastero adiacente, rappresentò per secoli uno dei riferimenti primari della vita popolare fiorentina: accanto si apriva infatti una delle porte di accesso alla città, sovrapposta al primitivo impianto romano. Il complesso di San Pancrazio era un organismo articolato, sviluppatosi notevolmente tra Trecento e Quattrocento, per l’infaticabile attività dei monaci e per la generosa disponibilità di alcune famiglie borghesi. Le memorie dell’insediamento religioso risalgono probabilmente al IX secolo; l’attuale struttura, imponente nonostante le alterazioni e le rovine portate dal tempo e dalla storia, risale al Trecento. Agli ultimi decenni del secolo, risalgono le opere fondamentali che dovevano costituire l’“isola” di San Pancrazio, cuore di un rione cittadino fortemente caratterizzato. Si innalzò allora la grande aula, coperta con capriate a vista, terminante con un coro e in un transetto dotato di cappelle; lo scheletro perimetrale dell’attuale museo è in gran parte ancora l’edificio tardomedievale, il cui residuo a vista di maggior spicco è il vano dell’antica sagrestia, in fondo ad est, l’unico che ha conservato la volta a crociera costolonata.